Bisnis.com, JAKARTA - Varian COVID-19 baru berpotensi membahayakan dan membatasi upaya mengatasi pandemi selama setahun lebih ini.
Sonia Gonçalves seorang Epidemiolog Gen menjelaskan bagaimana pengawasan genom dapat membantu kita melacak dan menahannya.
Sebelum pandemi, Sonia Gonçalves memimpin surveilans genomik untuk Jaringan Epidemiologi Genom Malaria. Sejak musim semi 2020, timnya di Wellcome Sanger Institute telah diperluas untuk mendukung pekerjaan COVID-19, dan sekarang sedang mencari untuk melihat di mana varian baru muncul saat virus bermutasi.
Berikut penjabarannya dilansir dari Medical Xpress :
1. Bagaimana Anda melacak mutasi virus corona baru?
Kami melakukannya dengan terus-menerus menganalisis banyak sampel virus, melihat bagaimana kode genetik virus berubah dan mutasi apa yang diperoleh.
Teknologi yang memungkinkan kita memperoleh informasi genetik dari sampel tertentu disebut sekuensing genom.
Surveilans genom adalah cara kami menerjemahkan data tersebut menjadi pengetahuan tentang apa yang terjadi dan di mana. Kami menggabungkan data genom yang dihasilkan melalui pengurutan dengan data epidemiologi (tentang bagaimana virus menyebar di komunitas). Dan itu memberikan wawasan tentang bagaimana populasi virus berubah, dan bagaimana virus berkembang.
2. Mengapa surveilans genom penting?
Surveilans genom penting karena membantu kita memahami apa yang terjadi pada populasi virus.
Misalnya, dalam pandemi COVID-19, kita mungkin melihat kasus meningkat, atau kasus menurun. Tapi kita tidak tahu apa yang menyebabkan kenaikan atau penurunan itu. Dengan pengawasan genom, kami dapat memahami apa yang terjadi dengan virus, bagaimana penyebarannya dan apakah itu berubah secara signifikan.
Sebagai contoh, surveilans genom yang mendeteksi peningkatan cepat frekuensi varian baru (B.1.1.7) di Inggris Tenggara, di mana Public Health England sedang menyelidiki penyebab peningkatan infeksi, yang terjadi meskipun ada pembatasan.
Jadi surveilans genom adalah alat yang dapat mendukung badan kesehatan masyarakat dalam cara mereka mengendalikan pandemi. Oleh karena itu, penting bagi kami untuk bekerja sama erat dengan badan kesehatan masyarakat untuk menyediakan data genomik yang kemudian dapat diintegrasikan dengan data epidemiologi.
Informasi tersebut sangat penting bagi badan kesehatan masyarakat untuk mendukung pengambilan keputusan tentang intervensi mana yang akan digunakan di lapangan.
3. Bagaimana cara kerja surveilans genomik?
Di Sanger, kami menerima ratusan ribu sampel setiap minggu, tergantung pada tahap pandemi; pada puncaknya kami menerima sekitar 400.000 hingga 500.000 sampel seminggu. Ini adalah sampel positif dan negatif yang datang dari laboratorium pengujian virus korona dari seluruh Inggris.
Ada banyak aktivitas yang mengoordinasikan penerimaan semua sampel tersebut, untuk memastikan bahwa kami mendapatkan sampel dan semua data terkait yang diperlukan untuk pemrosesan, dan pada waktu yang tepat, sehingga waktu penyelesaian untuk mengambil data secepatnya mungkin.
Pertama, sampel positif dipilih secara otomatis, kemudian diproses di lab dan diurutkan. Proses pengurutan memakan waktu sekitar 24 jam. Data sekuensing yang dihasilkan kemudian digabungkan, dianalisis, dan dilaporkan setiap hari ke badan kesehatan masyarakat dan Departemen Kesehatan dan Perawatan Sosial di Inggris.
Jadi, aktivitas harian kami difokuskan untuk memastikan bahwa kami mendapatkan semua sampel yang mengalir melalui pipeline, dan kami memproduksi data dan membagikannya setiap hari.
Ini adalah operasi besar-besaran, dengan melibatkan banyak tim. Hingga saat ini, Sanger Institute telah menghasilkan sejumlah besar data — sekitar seperempat dari semua data genomik SARS-CoV-2 di dunia. Pekerjaan kami adalah bagian dari COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) yang telah menghasilkan hampir setengah dari semua data genomik pada SARS-CoV-2 di dunia.
4. Apa yang terjadi dengan semua data genom yang Anda hasilkan?
Segera setelah pengurutan selesai dan data dianalisis, data genom segera dibagikan di tingkat nasional dan internasional, dan dapat diakses oleh orang-orang di seluruh dunia. Kami membagikannya melalui database yang berbeda, seperti GISAID, database internasional tempat semua data COVID-19 tersedia.
Berbagi data sangat penting untuk mengelola pandemi. Kami hanya dapat mengendalikan pandemi jika itu adalah upaya global, karena jika varian keprihatinan muncul di satu bagian dunia, itu memengaruhi seluruh dunia.
Kami dapat memiliki program yang sangat bagus secara nasional, tetapi jika ada varian baru di negara lain dan kami tidak mendeteksinya, atau kami tidak mengetahuinya, hal itu dapat membahayakan semua pekerjaan yang sedang dilakukan.
5. Bagaimana data surveilans genom digunakan dalam pandemi COVID-19?
Ada berbagai cara kami menggunakan data surveilans genom selama pandemi.
Pada awal COVID-19, kami melihat bagaimana virus diperkenalkan di negara tersebut, dan bagaimana penyebarannya di Inggris.
Kami juga menggunakan data genom untuk mengendalikan wabah. Melihat datanya, kita bisa melihat apakah lonjakan kasus di suatu tempat disebabkan oleh satu varian atau oleh yang berbeda. Jadi kami tahu apakah itu wabah yang disebabkan oleh varian tertentu yang menular dengan sangat cepat, atau jika ada varian berbeda di sekitar yang menyebabkan peningkatan kasus.
Baru-baru ini, fokus telah bergeser ke penggunaan data genom untuk mengidentifikasi dan melacak 'varian yang menjadi perhatian'. Virus telah mengembangkan mutasi baru, dan ada beberapa varian kekhawatiran yang beredar di masyarakat. Beberapa dari mereka terkait dengan transmisibilitas tinggi, yang dengan sendirinya menjadi perhatian, karena akan menyebabkan peningkatan kasus.
Ada juga kekhawatiran bahwa beberapa dari varian tersebut dapat mempengaruhi kemanjuran beberapa vaksin. Sangat penting bahwa, segera setelah varian baru diidentifikasi, data tersebut dibagikan secara publik. Dan bahwa program vaksin dan para peneliti yang bekerja untuk mengembangkan vaksin dapat segera menggunakan data tersebut: pertama-tama, untuk menilai apakah varian tersebut berdampak pada vaksin; dan jika itu masalahnya, segera membuat perubahan untuk menyesuaikan vaksin.
6. Bagaimana 'varian perhatian' diidentifikasi?
Virus selalu berkembang. Ini adalah proses alami — saat virus bereplikasi, mutasi terjadi. Virus dengan mutasi baru disebut varian.
'Varian yang sedang diselidiki' mungkin memiliki satu atau serangkaian mutasi, dan biasanya dikaitkan dengan konteks epidemiologis. Misalnya, jika kita melihat varian tertentu atau kelompok mutasi tertentu, tetapi kita juga melihat bahwa jumlah kasus varian spesifik tersebut meningkat, itu bisa dinyatakan sebagai 'varian dalam penyelidikan'.
Ini menjadi 'varian perhatian' ketika mutasi tertentu, atau kelompok mutasi tertentu, juga dikaitkan dengan perbedaan dalam cara virus berperilaku; misalnya, varian spesifik tersebut memiliki peningkatan penularan, atau berdampak pada respons imun.
Varian perhatian diumumkan oleh badan kesehatan masyarakat. Kami bekerja dengan mereka untuk menyediakan data genomik pendukung. Saat varian yang menjadi perhatian terdeteksi, sangat penting untuk memantau bagaimana varian itu menyebar, dan bagaimana varian itu diperkenalkan di negara tersebut.
Dari sudut pandang surveilans genom, segera setelah varian perhatian terdeteksi, kami fokus untuk mengidentifikasi semua sampel yang melalui proses pengurutan, yang merupakan varian yang menjadi perhatian atau varian yang sedang diselidiki.
Pipeline analisis data kami saat ini sedang menyaring empat varian masalah dan enam varian investigasi, tetapi hal ini terus ditinjau untuk menambahkan varian baru. Data ini kemudian diberikan kepada badan kesehatan masyarakat, yang menggunakan informasi tersebut untuk menampung penyebaran varian tersebut.
7. Bagaimana data genom membantu menahan pandemi?
Contoh terbaik adalah melalui deteksi varian yang menjadi perhatian. Di situlah nilai terbesar surveilans genomik, dalam fase pandemi ini.
Keberadaan varian ini mengkhawatirkan karena dapat membahayakan semua pekerjaan yang telah dilakukan selama ini dengan program vaksin. Jadi memiliki kemampuan untuk mengetahui apa yang terjadi, di mana varian ini menyebar dan bagaimana cara menampungnya, sangat penting, dan data genomik perlu ada untuk mendukung aktivitas tersebut.
Dan sama sekali tidak ada keraguan bahwa lebih banyak varian akan datang, virus terus berkembang. Dan masalahnya adalah jumlahnya sangat tinggi di tingkat global, sehingga ada banyak peluang bagi virus untuk berevolusi dan mengembangkan mutasi baru. Jadi kami akan memiliki varian baru. Dan kita perlu mempertahankan kemampuan itu untuk mendeteksinya segera setelah muncul.
Sangat penting bahwa semua negara meningkatkan upaya pengawasan genom mereka karena mengetahui apa yang terjadi dan bagaimana virus berkembang sangat penting untuk mengatasi pandemi.
Dan bahkan setelah pandemi terkontrol, sangat penting untuk melanjutkan surveilans genom sebagai aktivitas dasar, karena masih akan memberi kita informasi tentang bagaimana virus berubah atau tidak.
8. Apa peran surveilans genom di masa depan?
Pekerjaan yang telah kami lakukan selama COVID-19 telah menunjukkan nilai yang dapat dibawa oleh pengawasan genom untuk mengendalikan pandemi dan betapa pentingnya bekerja sama dengan badan kesehatan masyarakat. Pekerjaan ini telah menyediakan sumber daya, metode analitis, dan dasar tentang bagaimana kita dapat menanggapi pandemi di masa depan dengan lebih baik.
Itu merupakan pengalaman belajar yang luar biasa. Dan kami masih belajar sambil jalan. Dan kami akan tetap belajar bahkan setelah pandemi berakhir. Tapi saya benar-benar yakin kita akan lebih siap untuk menanggapi pandemi di masa depan.
