Bisnis.com, JAKARTA – Kementerian Kesehatan RI mengumumkan virus Covid-19 varian Omicron telah masuk ke Indonesia pada Kamis (16/12/2021). Berikut penjelasan tentang whole genome sequencing (WGS), cara tepat untuk mendeteksi varian Omicron.
Terus bermutasinya Covid-19 menjadi kekhawatiran seluruh orang di dunia, terutama para peneliti yang tidak pernah berhenti melakukan identifikasi. Prosedur whole genome sequencing (WGS) menjadi cara terbaik untuk mengetahui ada atau tidaknya mutasi yang terjadi. Termasuk untuk varian baru virus Corona.
Lantas, apa itu whole genome sequencing (WGS)?
Genom, atau materi genetik suatu organisme baik bakteri, virus, tumbuhan maupun manusia terdiri dari DNA. Setiap organisme memiliki urutan DNA unik yang terdiri dari basa (A, T, C, dan G). Jika Anda mengetahui urutan basa dalam suatu organisme, Anda telah berhasil mengidentifikasi sidik jari atau pola DNA uniknya.
Menurut CDC, sekuensing dalam hal ini DNA akan menghasilkan urutan basa. Sekuensing seluruh genom adalah prosedur laboratorium yang menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme dalam satu proses. Urutan yang telah didapatkan dapat dianalisis untuk mengetahui perbedaan organisme satu dengan yang lainnya.
Bagaimana cara kerja pengurutan seluruh genom?
Para ilmuwan melakukan pengurutan seluruh genom dengan mengikuti empat langkah utama ini:
1. Pemotongan DNA
Para ilmuwan mulai dengan menggunakan gunting molekuler untuk memotong DNA, yang terdiri dari jutaan basa A, C, T, dan G, menjadi potongan-potongan yang cukup kecil untuk dibaca oleh mesin pengurutan.
2. Pengkodean batang DNA
Para ilmuwan menambahkan potongan kecil tag DNA, atau kode batang untuk mengidentifikasi potongan DNA. Dari potongan tersebut dapat diketahui bahwa potongan itu milik virus jenis apa. Kode batang ini mirip kode yang sering Anda temukan dalam produk di toko swalayan.
3. Sekuensing seluruh genom
DNA berkode batang dari banyak virus digabungkan dan dimasukkan ke dalam sekuenser genom keseluruhan. Sequencer mengidentifikasi A, C, T, dan G, atau basa, yang membentuk setiap urutan virus. Sequencer menggunakan kode batang untuk melacak basis mana yang dimiliki suatu virus.
4. Analisis data
Para ilmuwan menggunakan alat analisis komputer untuk membandingkan urutan virus dan mengidentifikasi perbedaan. Jumlah perbedaan dapat memberi tahu para ilmuwan seberapa dekat hubungan virus itu, dan seberapa besar kemungkinan mereka menjadi bagian dari wabah yang sama.
Bagaimana sekuensing seluruh genom dapat deteksi penyakit?
Sekuensing seluruh genom memberikan data yang lebih rinci dan tepat untuk mengidentifikasi wabah daripada teknik standar saat ini yang berbasis elektroforesis gel (pulsed-field gel electrophoresis).
Alih-alih hanya memiliki kemampuan untuk membandingkan genom bakteri menggunakan 15-30 pita yang muncul dalam pola PFGE, saat ini peneliti membutuhkan jutaan basis untuk dibandingkan.
Bila dianalogikan, WGS dapat membandingkan semua kata dalam sebuah buku, bukan hanya jumlah bab seperti yang dilakukan PFGE. Proses ini untuk melihat apakah buku itu sama atau berbeda.
Dengan menggunakan WGS, peneliti telah menemukan bahwa beberapa virus yang tampak berbeda menggunakan PFGE sebenarnya berasal dari sumber yang sama. Prosedur ini telah membantu menyelesaikan beberapa wabah lebih cepat karena berhasil menemukan pengendalian yang juga tepat.
