Bisnis.com, JAKARTA - Saat pandemi Covid-19 berkecamuk, para peneliti bekerja lembur untuk mengembangkan vaksin dan terapi untuk mengalahkan virus corona yang menimbulkan penyakit Covid-19.
Banyak upaya berfokus pada protein lonjakan virus corona, yang mengikat enzim pengubah angiotensin 2 ( ACE2) pada sel manusia untuk memungkinkan masuknya virus.
Para peneliti di ACS Central Science telah menemukan peran aktif glycans yakni molekul gula dalam protein berperan dalam proses ini.
Sebelum lonjakan protein virus corona dapat berinteraksi dengan ACE2 pada sel manusia, protein tersebut berubah bentuk untuk mengekspos reseptor binding domain (RBD), bagian dari protein yang berinteraksi dengan ACE2. Seperti banyak protein virus, protein lonjakan virus corona memiliki lapisan glycans yang tebal di permukaannya.
Glycans ini, yang menempel di bagian tertentu, membantu melindungi protein virus dari sistem kekebalan tubuh.
Rommie Amaro dan rekannya di University of California San Diego, Maynooth University (Irlandia) dan University of Texas di Austin bertanya-tanya apakah glycans tertentu dalam protein lonjakan virus corona mungkin juga berperan aktif dalam proses yang menyebabkan infeksi.
Untuk mengetahuinya, para peneliti menggunakan data struktural dan glikomik untuk membangun simulasi dinamika molekuler dari protein lonjakan SARS-CoV-2 yang tertanam di membran virus.
Model komputer, yang menyajikan gambaran rinci dari setiap atom dalam lonjakan glikoprotein, mengungkapkan bahwa N-glikan yang terkait dengan protein lonjakan di situs tertentu (N165 dan N234) membantu menstabilkan perubahan bentuk yang mengekspos RBD, yang dapat membantu mendorong infeksi.
Simulasi tersebut juga mengidentifikasi daerah protein lonjakan yang tidak dilapisi oleh glycan dan dengan demikian rentan terhadap antibodi, terutama setelah perubahan bentuk. Dalam percobaan laboratorium menggunakan interferometri biolayer, tim menunjukkan bahwa mutasi protein spike sehingga tidak lagi memiliki glycans di N165 dan N234 mengurangi ikatan ke ACE2.
Hasil ini meletakkan dasar bagi strategi baru untuk melawan ancaman pandemi, kata para peneliti.
