Bisnis.com, JAKARTA - Semua virus berubah atau bermutasi saat mereka bereplikasi dan menyebar dalam suatu populasi. Virus yang memiliki materi genetik RNA, seperti SARS-CoV-2 (virus penyebab Covid-19) dan influenza, bermutasi jauh lebih cepat daripada virus dengan DNA.
Setiap kali SARS-CoV-2 bereplikasi, ada peluang bagi virus untuk berubah. Banyak mutasi tidak mempengaruhi kemampuan virus untuk menyebar atau menyebabkan penyakit karena tidak mengubah protein utama yang terlibat dalam infeksi dan transmisi.
Ketika salah satu dari perubahan ini memengaruhi kemampuan virus untuk menyebar atau menyebabkan penyakit, mungkin ada keunggulan kompetitif dibandingkan garis keturunan SARS-CoV-2 lainnya. Seiring waktu, garis keturunan tertentu dengan keunggulan ini menjadi lebih umum dan beredar dalam suatu populasi.
Disaat garis keturunan atau kelompok garis keturunan memiliki karakteristik yang berdampak pada kesehatan masyarakat, Centers for Disease Control and Prevention (CDC) mengklasifikasikannya sebagai ‘varian kepentingan (variant of interest)’ atau ‘varian perhatian (variant of concern).'
Melansir dari CDC, Kamis (10/2), berikut penjabarannya mengenai bagaimana virus berubah dari waktu ke waktu?
Bagaimana para ilmuwan melacak varian SARS-CoV-2?
Para ilmuwan menggunakan pengurutan genom (Genomic Sequencing) untuk mengidentifikasi varian SARS-CoV-2 yang ada dalam spesimen. Para ilmuwan secara konsisten mengumpulkan urutan dan menganalisis persamaan serta perbedaan di antara urutan ini dalam proses yang disebut pengawasan genomik (Genomic Surveillance).
Melalui pengawasan genomik, para ilmuwan melacak penyebaran varian dan memantau perubahan kode genetik varian SARS-CoV-2. Secara kolektif, informasi ini digunakan untuk lebih memahami bagaimana varian dapat berdampak pada kesehatan masyarakat.
Karena itu, CDC dan mitra kesehatan masyarakat mengurutkan lebih banyak genom SARS-CoV-2. Mereka meningkatkan pemahamannya tentang varian yang beredar, seberapa cepat varian muncul, dan varian mana yang paling penting untuk dikarakterisasi dan dipantau.
Dari mana data untuk pengawasan genomik berasal?
Para ilmuwan menggunakan proses pengurutan genom untuk mengidentifikasi varian SARS-CoV-2. Para ilmuwan mengurutkan spesimen virus yang dikumpulkan dari sebagian orang yang dites positif Covid-19.
Setelah tes dinyatakan positif, diperlukan waktu tambahan untuk mempersiapkan dan mengurutkan spesimen virus, serta kemudian menganalisis data sekuens. Hal ini bisa memakan waktu mulai dari beberapa hari hingga minggu.
Mengapa pengurutan genom penting?
Urutan ini memiliki informasi berharga yang digunakan para ilmuwan untuk:
- Mencirikan virus
- Perkirakan prevalensi varian tertentu dalam suatu populasi
- Evaluasi seberapa efektif perawatan medis, seperti antibodi monoklonal, terhadap varian
- Selidiki penyebaran virus dalam wabah
Bagaimana cara kerja pengurutan genom?
Urutan genom melampaui pengujian untuk SARS-CoV-2 dan memungkinkan para ilmuwan untuk mengklasifikasikan virus sebagai varian tertentu serta menentukan garis keturunannya. Pengawasan genom telah menjadi komponen kunci dari upaya kesehatan masyarakat selama pandemi Covid-19. Simak, berikut proses pengurutan genom.
Langkah 1 – Ekstraksi
Pertama, untaian DNA atau RNA diekstraksi dari bakteri, virus, atau patogen lainnya.
Langkah 2 – Persiapan Pustaka
DNA atau RNA yang akan diurutkan harus dipersiapkan secara khusus sebelum dapat dimasukkan ke dalam mesin sequencing. Langkah-langkah dalam proses mungkin berbeda tergantung pada jenis sampel dan peralatan khusus yang digunakan.
Langkah 3 – Pengurutan
Pustaka dimuat ke dalam sequencer yang akan mengidentifikasi basa nucleotide dalam fragmen DNA.
Langkah 4 – Analisis
Sequencer menghasilkan data—jutaan untaian huruf yang panjang—yang kemudian dirangkai menjadi satu atau disejajarkan dengan urutan referensi berkualitas tinggi. Program analitis membandingkan data urutan baru dengan urutan referensi dan mengidentifikasi variasi dalam sampel yang memungkinkan para ilmuwan untuk menyimpulkan hubungan keturunan, seperti pohon keluarga.
