Virus Nipah yang telah menjangkit manusia biasanya menimbulkan gejala ringan namun fatal. Pada sebagian orang, virus ini menyebabkan penyakit pernapasan akut dan ensefalitis (radang otak) yang fatal.
WHO mengatakan bahwa tingkat kematian virus cukup tinggi, yakni mencapai 75 persen.
Beberapa gejala yang muncul di antaranya:
Demam
Sakit kepala
Nyeri otot
Muntah
Sakit tenggorokan
Pusing
Mudah mengantuk
Penurunan kesadaran hingga pembengkakan otak
Sesak napas dan gangguan pernapasan berat
Pada kasus dengan gejala berat, penderita bisa mengalami gangguan otak, kejang, dan berlanjut koma dalam waktu 24 jam sampai 48 jam hingga kematian.
Adapun masa inkubasi virus berlangsung sekitar 4-14 hari. Namun, ada pula laporan yang menyebut bahwa masa inkubasi bisa berlangsung selama 45 hari.